1999年
　　碇唯提出形上生物学突破性理论，被冬月采用，并成为冬月的爱生。
　　冬月保释出六分仪源堂，唯与源堂开始交往。

　　2000年

　　8月15日
　　南极的葛城调查队提出S^2机关理论，并预定在9月13日进行亚当融合实验。

　　9月13日
　　实验出乎意料，亚当力量觉醒，南极大陆大爆炸，全世界发生第2次冲击。唯一生还者---葛城美里。
　　源堂和唯一同加入SEELE。碇唯和源堂结婚，源堂改姓为碇。

　　2002年
　　冬月正调查第2次冲击的真相，并发现光之巨人的疑点，并发现新闻经过幕后操纵。
　　患上失语症的小美理，被安排在南极调查船的第1隔离室内静养。

　　2003年
　　箱根人工进化研究所： 冬月指责源堂隐瞒2次冲击的真相，并要求对外公报。
　　源堂带冬月往地下都市。E计划确定存在。零号机雏型登场。
　　冬月加入SEELE的组织。
　　研究室内，赤木博士母女登场。

　　2004年
　　11月
　　箱根的地底第2实验场，进行着EVA接触实验，实验失败，唯死亡。
　　唯死后1周，开始进行亚当计划和人类补完计划。
　　小真嗣登场。

　　2005年
　　第二迁都计划，第三新东京市兴建计划展开。
　　第二东京大学，律子认识了美里，美里与加持交往。
　　复制人绫波零诞生。

　　2008年
　　MAGI基础理论完成。
　　律子进入GEHIRN，美理也进入GEHIRN德国分部。律子看见母亲尚子和源堂私通。
　　明日香成为第2适任者，其母京子自杀。

　　2010年
　　天顶都市初步完成。 一人目小绫波零登场。
　　直子向律子表示MAGI是三个自己，后直子由小零口中得知源堂的真正目的后，愤而杀死小零后自杀。之后GEHIRN改名特务机关NERV。